Sistem penjaminan mutu internal di lingkungan Institut Kesehatan dan Teknologi Al Insyirah dilaksanakan oleh Lembaga Penjaminan Mutu dan Manajement Representatif (MR) ISO (LPM-MR ISO). Berdasarkan bagan struktur Institut Kesehatan dan Teknologi Al Insyirah (IKTA) dengan nomor SK Rektor 111/SK/IKTA/OT/2025, ketua LPM-MR ISO berada langsung di bawah rektor. Ketua LPM-MR ISO diangkat dengan SK rektor nomor 086/SK/IKTA/K P/2025 pada 20 Januari 2025. Ketua LPM-MR ISO di perbantu dengan Sekretaris LPM-MR ISO. Penerapan budaya mutu di IKTA tidak hanya dengan adanya SPMI tetapi juga telah tersertifikasi ISO. Sementara itu, Penjaminan Mutu di level fakultas dilaksanakan oleh Penjaminan Mutu Fakultas.

Berdasarkan bagan struktur, LMP-MR ISO memiliki tugas untuk merencanakan, melaksanakan, mengevaluasi, mengendalikan, dan mengembangkan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) secara berkesinambungan, konsisten, efisien, dan akuntabel. Ketua LPM-MR ISO juga bertugas memonitoring perencanaan dan pelaksanaan akreditasi perguruan tinggi dan program studi serta bertanggung jawab terkait seluruh standar perguruan tinggi. Serta memastikan bahwa seluruh proses yang diperlukan untuk SMOP ISO 21001:2018 ditetapkan, dilaksanakan dan dimonitoring serta memastikan kepatuhan semua fungsi sesuai standar ISO. LPM-MR ISO dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh auditor SPMI dan Auditor ISO yang bertugas untuk melakukan audit akademik dan non akademik dimulai dari pemeriksaan dokumen, melaksanakan audit, menentukan status temuan hingga berkoordinasi menentukan tindak lanjut

Penjaminan mutu pada level fakultas dilaksanakan oleh Penjaminan Mutu fakultas yang terdapat pada setiap fakultas yang ada di lingkungan IKTA. Mutu Fakultas menjamin terlaksananya standar mutu bidang akademik dan non akademik pada lingkup fakultas. Pelaksanaan standar mutu di program studi dilakukan oleh penjaminan mutu fakultas melalui program studi dengan melakukan monitoring dan evaluasi di tingkat program studi